Органи Фонда за иновациону делатност су Управни одбор, Директор и Надзорни одбор.

Директора Фонда, именује Влада Републике Србије на предлог министра надлежног за научноистраживачку делатност и технолошки развој, а по прибављеном мишљењу Управног одбора.

Од почетка оперативног пословања 2011. године, дужност директора Фонда за иновациону делатност су обављали:

• Од 3. фебруара 2011. године до 22. маја 2014. године – др Љиљана Кундаковић, в.д. директора
• Од 22. маја 2014. године до 28. новембра 2015. године – Марко Атанасовски, в.д. директора
• Од 28. новембра 2015. године до данас – др Иван Ракоњац, директор